Lần đầu tiên Dzeko ra sân cho đội tuyển Bosnia và Herzegovina là cùng đội U-19 vào năm 2003.Trận đầu tiên là gặp Kazakhstan.Anh cũng là thành viên đội U21 và chơi ở trận playoff để tham dự giải U21 vào năm 2007 ở Hà Lan. Thử thách đầu tiên của Bosnia là Armenia và Na Uy. Họ thắng Armenia 3-2 và hoà Na Uy 1-1, điều này giúp họ được vào vòng playoff gặp cộng hoà Séc. Ở trận lượt đi, Bosnia thua 2-1; ở trận lượt về, trận đấu kết thúc với tỉ số 1-1.

Anh có trận ra mắt trong màu áo đội tuyển ở trận gặp Thổ Nhĩ Kỳ vào ngày 2 tháng 6 năm 2008.Đó là trận ra mắt đáng nhớ cho cầu thủ trẻ này, khi ở trận này anh thực hiện cú volley ngoạn mục vào lưới ở phút bù giờ hiệp một. Bàn thắng giúp Bosnia cân bằng tỉ số 2-2 và họ vượt lên để thắng 3-2[6].Anh ghi 7 bàn ở vòng loại World Cup 2010 và hiện là người ghi nhiều bàn thứ hai ở vòng loại, sau Wayne Rooney của Anh[7].